泓迅科技自成立起,專(zhuān)注成為領(lǐng)先的合成生物學(xué)賦能技術(shù)公司,立足自身完備的基因制造平臺與生物設計平臺,閉環(huán)DBTL技術(shù)需求,為合成生物學(xué)的發(fā)展提供有效的技術(shù)工具及解決方案。

微生物的基因組中通常含有數千個(gè)基因,高通量低成本地發(fā)現這些基因與所研究表型之間關(guān)聯(lián)關(guān)系顯得尤為重要。全基因組CRISPR文庫所提供的抑制或激活基因表達工具庫能夠在多種篩選條件下,在全基因組水平上分析某種表型的關(guān)聯(lián)基因群,為微生物細胞工廠(chǎng)研究提供更有價(jià)值的發(fā)現。

泓迅科技領(lǐng)先的sgRNA合成和構建平臺,可實(shí)現對微生物基因組的高效、精準編輯。同時(shí),在定制化CRISPR文庫構建的基礎上,推出Syno?大腸桿菌全基因組CRISPR抑制文庫、Syno?酵母全基因組抑制文庫和Syno?酵母全基因組激活文庫產(chǎn)品,有效縮短文庫交付周期。

  • Syno?大腸桿菌全基因組CRISPR抑制文庫
  • Syno?大腸桿菌全基因組CRISPR抑制文庫,包括55671個(gè)sgRNA和400個(gè)陰性對照sgRNA?;趪栏竦拿摪匈|(zhì)量控制閾值,至少一個(gè)sgRNA靶向大腸桿菌中98.6%的蛋白質(zhì)編碼基因(4140個(gè))和79.8%的RNA編碼基因中(178個(gè));至少有三個(gè)sgRNA靶向大腸桿菌中96.8%的蛋白質(zhì)編碼基因和48.9%的RNA編碼基因中。CRISPRi文庫在基因組水平上的基因覆蓋率顯著(zhù)超過(guò)了具有相似文庫大小的Tn-seq的報道,可以一次性研究細菌中數千個(gè)基因和特定表型的關(guān)系。

  • Syno?酵母全基因組CRISPR抑制文庫
  • Syno?酵母全基因組CRISPR抑制文庫中sgRNA的序列主要根據轉錄起始位點(diǎn)情況進(jìn)行設計:(1)當通過(guò)測序獲得轉錄起始位點(diǎn)時(shí),從該轉錄起始上游的220個(gè)堿基對到下游的20個(gè)核苷酸中選擇了靶點(diǎn)。(2)當沒(méi)有轉錄起始位點(diǎn)可用時(shí),選擇編碼序列上游350到30個(gè)核苷酸之間的靶點(diǎn)。利用這些規則,設計了61094個(gè)針對所有帶注釋的蛋白質(zhì)編碼基因的指南,除了那些預測的具有“可疑”特征的開(kāi)放閱讀框,還針對非編碼RNA。大多數基因是由10個(gè)獨特且明確的sgRNA靶向。CRISPRi文庫可用于在酵母中進(jìn)行全面、高精度的篩選。

  • Syno?酵母全基因組CRISPR激活文庫
  • Syno?酵母全基因組CRISPR激活文庫中sgRNA的設計的原則和數目與Syno?酵母全基因組CRISPR抑制文庫相同,二者主要的區別在于使用的載體類(lèi)型不同,抑制文庫使用的是pdCas9_Mix_Yeast,激活文庫使用的是pdCas9_VPR_Yeast。

    服務(wù)優(yōu)勢

    1. 精準的sgRNA設計:利用有效的sgRNA設計模型結合深度學(xué)習算法,設計出具有高靶向活性和低脫靶率的sgRNA序列。
    2. 節約成本:高編輯效率CRISPR文庫,減輕后期篩選工作的難度,降低研究成本。
    3. 一站式服務(wù):提供NGS驗證、生信分析等定制化的服務(wù)。
    4. 嚴格質(zhì)控:構建的文庫覆蓋率>99.9%,均一性<10。
    5. 交付周期短。

    服務(wù)詳情

    產(chǎn)品編號 產(chǎn)品名稱(chēng) 序列信息 載體信息 價(jià)格 規格
    STCRI221420 Syno?大腸桿菌全基因組CRISPR抑制文庫 55671個(gè)sgRNA和400個(gè)陰性對照sgRNA pdCas9-E2 咨詢(xún) 200 μg
    STCRI222531 Syno?酵母全基因組CRISPR抑制文庫 61094個(gè)sgRNA pdCas9_Mix_Yeast 咨詢(xún) 200 μg
    STCRI222532 Syno?酵母全基因組CRISPR激活文庫 61094個(gè)sgRNA pdCas9_VPR _Yeast 咨詢(xún) 200 μg

    相關(guān)服務(wù)

      sgRNA定制化設計
      sgRNA文庫構建
      ssDNA合成
      微生物基因組編輯
      哺乳動(dòng)物基因組編輯
      sgRNA生物信息分析

    參考資料

    1. Tianmin Wang, Changge Guan, Jiahui Guo, et al. Pooled CRISPR interference screening enables genome-scale functional genomics study in bacteria with superior performance. Nat Commun. 2018; 9: 2475.
    2. Nicholas J. McGlincy, Zuriah A. Meacham, Kendra K. Reynaud, et al. A genome-scale CRISPR interference guide library enables comprehensive phenotypic profiling in yeast. BMC Genomics. 2021; 22: 205.
    3. Elena Cámara, Ibai Lenitz, and Yvonne Nyg?rd. A CRISPR activation and interference toolkit for industrial Saccharomyces cerevisiae strain KE6-12. Sci Rep. 2020; 10: 14605.

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