BSA(Bulked Segregant Analysis)是將兩組具有極端性狀的群體進(jìn)行混池測序,比較兩組群體在多態(tài)位點(diǎn)(SNP)的等位基因頻率(AF)是否具有顯著(zhù)差異,即而將目標性狀基因定位在染色體區段上, 該方法廣泛應用于動(dòng)植物基因定位中。

應用領(lǐng)域

    ?    質(zhì)量性狀或有主效基因的數量性狀(例如,植物抗病性)的基因初定位
    ?    單一性狀的研究

技術(shù)路線(xiàn)

技術(shù)路線(xiàn)

分析內容

    1.     下機數據統計
    2.     數據質(zhì)控
    3.     高質(zhì)量數據獲取
    4.     序列比對
    5.     序列比對結果概述
    6.     SNP檢測
    7.     SNP統計
    8.     SNP注釋
    9.     多樣本SNP差異分析
    10.     SNP結果可視化
    11.     InDel檢測
    12.     InDel統計
    13.     InDel注釋
    14.     SNP index計算
    15.     目標區域性定位
    16.     目標區域性功能分析
    17.     目標區域引物設計

案例解析

基于高通量測序的BSA分析方法鑒定西瓜矮桿基因
本研究分別選取30株矮稈西瓜,30株正常西瓜DNA等量混合構成D-pool(the dwarf pool)、V-pool(the vine pool),對兩個(gè)混池建庫;同時(shí)對兩個(gè)親本單獨建庫,通過(guò)高通量測序結果得到了352,000的SNPs,97,186個(gè)多態(tài)性純合SNP;注釋得到了4個(gè)候選基因,提出基因Cla010726可能是西瓜中矮稈性狀的候選基因,并且通過(guò)qRT-PCR的方法驗證ClaGA20ox基因是造成西瓜矮化的主要原因之一。


參考文獻:
Wei D, Defeng W, Zicheng W. et al. Next-generation sequencing from bulked segregant analysis identifies a dwarfism gene in watermelon. Scientific Reports ,2018.

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