全轉錄組即特定細胞或組織在某一功能狀態(tài)下轉錄產(chǎn)物 (mRNA、 LncRNA、 CircRNA 以及 microRNA) 的合集。全轉錄組測序可對同一個(gè)樣品同時(shí)進(jìn)行 mRNA、 LncRNA、 CircRNA 和 microRNA 的單獨分析,還可進(jìn)行多種 RNA聯(lián)合分析以及內源競爭性 RNA 整合分析,分子標記篩選等,探究其潛在的調控網(wǎng)絡(luò )機制,揭示轉錄調控問(wèn)題。主要應用于免疫機制、疾病領(lǐng)域、發(fā)育進(jìn)化、致病機理和藥物靶標等方面的研究。

技術(shù)路線(xiàn)

技術(shù)路線(xiàn)

分析內容

    1.     數據過(guò)濾與統計
    2.     參考序列比對分析
          2.1     比對結果統計
          2.2     轉錄組整體質(zhì)量評估
    3.     mRNA分析
          3.1     mRNA表達分析
          3.2     mRNA差異表達分析
          3.3     差異mRNAGO和KEGG富集分析
          3.4     差異表達基因蛋白互作網(wǎng)絡(luò )分析
          3.5     外顯子表達差異分析
    4.     LncRNA靶基因GO富集分析
          4.1     lncRNA鑒定
          4.2     lncRNA表達分析
          4.3     lncRNA差異表達分析
          4.4     差異lncRNA靶基因預測
          4.5     差異lncRNA靶基因GO和KEGG富集分析
          4.6     lncRNA與mRNA比較分析
          4.7     差異lncRNA與差異靶基因互作分析
    5.     circRNA分析
          5.1     circRNA識別分析
          5.2     circRNA表達定量
          5.3     circRNA差異表達分析
          5.4     circRNA來(lái)源基因的GO和KEGG富集分析
    6.     miRNA分析
          6.1     miRNA表達定量
          6.2     miRNA差異表達分析
          6.3     miRNA靶基因的GO和KEGG富集分析
          6.4     lncRNA與miRNA互作分析
          6.5     circRNA與miRNA互作分析
    7.     聯(lián)合分析
          7.1     mRNA+lncRNA+circRNA+miRNA聯(lián)合分析
          7.2     mRNA+lncRNA+circRNA+miRNA基因組圈圖
          7.3     組間共有特有差異mRNA+lncRNA+circRNA+miRNA可視化
          7.4     mRNA+lncRNA+circRNA+miRNA可視化平臺搭建
          7.5     mRNA+lncRNA+circRNA+miRNA共表達網(wǎng)絡(luò )分析
    8.     ceRNA分析

案例解析

ceRNA調控網(wǎng)絡(luò )解析泡桐屬植物疾病
長(cháng)非編碼 RNA(LncRNA)、環(huán)狀 RNA(CircRNA)和微小 RNA(MiRNA)在生命活動(dòng)的調控中起著(zhù)重要的作用。然而,它們在泡桐中的作用尚不清楚。識別 LncRNAs, CircRNAs, miRNA 通過(guò)對正常和被感染的泡桐叢枝?。≒awb)的RNA 序列分析,探討了它們在泡桐病發(fā)病過(guò)程中的作用??偣茶b定出 3126 個(gè) LncRNAs、 1634 個(gè) CircRNAs 和 550 個(gè)miRNAs。其中 229 個(gè) LncRNAs、 65 個(gè) CircRNAs 和 65 個(gè) miRNAs 有顯著(zhù)差異表達。構造 ceRNA 網(wǎng)絡(luò )由 5 個(gè) miRNA、4 個(gè) CircRNA、 5 個(gè) LncRNAs 和 15 個(gè) mRNA 組成,它們在健康和感染的泡桐中均有不同程度的表達。本研究提供了泡桐中候選的 ceRNAs,揭示了 Pawb 的分子機制。


參考文獻:
Fan G, Wang Z, et al. ceRNA Cross-Talk in Paulownia Witches’ Broom Disease. International Journal of Molecular Sciences, 2018.

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