Small RNA 是一類(lèi)重要的體內調節分子,長(cháng)度在 18-30nt,主要包括 miRNA、 siRNA 和 piRNA。在基因表達調控、生物個(gè)體發(fā)育、代謝及疾病的發(fā)生等生理過(guò)程中起著(zhù)重要的作用。Small RNA 測序采用 Illumina 測序平臺,研究某一物種特定組織在特定狀態(tài)下的已知 Small RNA,也可發(fā)現新的物種或組織特異Small RNA并預測其靶基因,為研究 Small RNA 的功能及此物種的基因調控機制提供了有力工具,已廣泛應用于動(dòng)植物的研究和醫學(xué)領(lǐng)域。

技術(shù)路線(xiàn)

技術(shù)路線(xiàn)

分析內容

    1.     數據質(zhì)控與統計
    2.     miRNA預測
    3.     miRNA 靶基因預測
    4.     miRNA表達分析
          4.1     不同樣品表達量對比
          4.2     樣本相關(guān)性分析
          4.3     樣品主成分分析
    5.     miRNA 差異表達分析
          5.1     miRNA 差異表達分析
          5.2     差異 miRNA 火山圖
          5.3     差異 miRNA 表達 M-A 圖
          5.4     差異 miRNA 聚類(lèi)熱圖
    6.     差異表達 miRNA 靶基因的 GO 和 KEGG 富集分析
          6.1     差異表達 miRNA 靶基因 GO 富集分析
          6.2     差異表達 miRNA 靶基因 KEGG 富集分析

部分分析結果展示

RPM分布圖

KEGG Pathway富集條形圖

案例解析

組織中miRNA在巴雷特食管非內窺鏡診斷中的選擇與應用
本研究分析了38例Barrett’s esophagus(BE)和26例正常食管患者內鏡時(shí)采集的2組獨立食管活檢組織的miRNA的表達譜,確定了一種可以識別BE患者細胞海綿樣本的圖譜,AUC為0.93.此外mir-194通過(guò)表現遺傳在BE樣品中表達增加,推測這可能與BE的發(fā)病機制有關(guān)。

Mir192/194和miRNA啟動(dòng)子區域低甲基化形成mir192-194-2共表達簇

Mir192/194和miRNA啟動(dòng)子區域低甲基化形成mir192-194-2共表達簇


參考文獻:
Li X, Kleeman S, et al. Selection and Application of Tissue microRNAs for Nonendoscopic Diagnosis of Barrett’s Esophagus. Gastroenterology, 2018.

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